Ο Hyakkimaru είναι ένας νεαρός άντρας που του λείπουν 48 μέρη του σώματός του επειδή πάρθηκαν από δαίμονες στη γέννα του, σε αντάλλαγμα με την επιθυμία του πατέρα του, Daigo Kagemitsu, να αναλάβει τη χώρα. Όταν γεννήθηκε του έλειπαν 48 μέρη κι έτσι τον πέταξαν στο ποτάμι. Ο Hyakkimaru μεγάλωσε και χρησιμοποιεί ψεύτικα μέρη του σώματος ώστε να εξολοθρεύσει τους 48 δαίμονες που δημιουργήθηκαν από το σώμα του και να πάρει πίσω τα χαμένα μέρη του. Κατά τη διάρκεια της περιπέτειας συναντάει έναν μικρό κλέφτη, τον Dororo όπου γίνονται φίλοι.